2012-03-12 Doing a red-lined article file from two versions of a paper in LaTeX

  • The editor of our submitted paper asked for a red-lined article file. Using latexdiff makes this task very easy: Simply grab the 2 versions of your manuscript and issue

    latexdiff manuscript_v1.tex manuscript_v2.tex   > diff.tex
    latexmk -pdf diff.tex
    

    . The latexmk program allows to get all necessary passes to get a clean output file.

  • One issue is that one version imported a few other source files using the \input command, so we used the following parameter:

    latexdiff --flatten manuscript_v1.tex manuscript_v2.tex   > diff.tex
    latexmk -pdf diff.tex
    
  • it is recommended that instead of using bibtex, you copy and paste the content of the .bbl file.

  • Moral: one advantage of LaTeX is that your data, your dear prose, is in text (not binary) format and has an open syntax. This process allows the creation of the red-lined article file in one shot with no fiddling and lost time of copy and pasting. So whatever soft you use to put your ideas in readable digital format, just use something simple, structured and open.

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2012-03-11 Stop Bonjour from broadcasting ssh and sftp

largely a copy-and-paste from http://hints.macworld.com/article.php?story=20070622210507844 ; Jun 25, '07 07:30:00AM • Contributed by: delight1
  • After doing a backup, edit the following file:

    sudo vim /System/Library/LaunchDaemons/ssh.plist
    
  • In the editor, the goal is to delete these two lines:

    <string>ssh</string>
    <string>sftp-ssh</string>
    
  • They should be found around lines 22 and 23. In vim, this is easily done by typing \ssh, then n until you are on the right line. Then type d2d to delete these 2 line. Finally issue wq! to save and quit.

  • Save the file and quit the editor. Then go to System Preferences » Sharing » Services, unlock it, disable Remote Login, and final re-enable Remote Login. You can check if things worked by using Bonjour Browser or some such similar app to be sure ssh/sftp no longer show up.

  • A simple grep-irbonjour/System/Library/LaunchDaemons/ gives:

    /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.AppleFileServer.plist:                  <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.bld.bulletd.plist:                      <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.eppc.plist:                        <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.FileSyncAgent.sshd.plist:                       <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.msrpc.echosvc.plist:                    <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.msrpc.echosvc.plist:                    <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.msrpc.lsarpc.plist:                     <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.msrpc.lsarpc.plist:                     <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.msrpc.mdssvc.plist:                     <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.msrpc.netlogon.plist:                   <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.msrpc.srvsvc.plist:                     <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.msrpc.srvsvc.plist:                     <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.msrpc.wkssvc.plist:                     <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.msrpc.wkssvc.plist:                     <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.odproxyd.plist:                 <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.screensharing.plist:                    <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.smbd.plist:                     <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/ftp.plist:                        <key>Bonjour</key>
    /System/Library/LaunchDaemons/ssh.plist:                        <key>Bonjour</key>
    Binary file /System/Library/LaunchDaemons/telnet.plist matches
    

    so, you may want to change these too.

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2012-03-10 view pdf online on firefox in macosx

  • I was dropping firefox for ohter browsers as it lacked ability to display PDFs online

  • after a loing wait, I found out pdf.js :

     pdf.js is an HTML5 technology experiment that explores building a faithful and efficient Portable Document Format (PDF) renderer without native code assistance.
    
    pdf.js is community-driven and supported by Mozilla Labs. Our goal is to create a general-purpose, web standards-based platform for parsing and rendering PDFs, and eventually release a PDF reader extension powered by pdf.js. Integration with Firefox is a possibility if the experiment proves successful.
    
  • check out: https://github.com/mozilla/pdf.js/

  • install: https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/pdfjs/

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2012-03-05 Completely disable quarantine of downloaded files

copy and paste from http://hints.macworld.com/article.php?story=20091208050655947

Starting in Leopard when you open a file downloaded from the web, OS X asks if you really mean it. While it is intended to stop maliciousness, it is only a source of aggravation for me. While there are some hints here on working around it, it turns out that you can disable it completely using a Terminal command:

defaults write com.apple.LaunchServices LSQuarantine -bool NO

After that, reboot.

To know the state of your system, use

defaults read com.apple.LaunchServices LSQuarantine

, to go back to default, use

defaults write com.apple.LaunchServices LSQuarantine -bool YES

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2012-02-22 access spawn

  • Finder / Pomme-K / smb://10.164.0.66

  • CLI

    mkdir /Volumes/work ; mount_smbfs smb://perrinet@10.164.0.66/work /Volumes/work
    
  • CLI

    umount /Volumes/work
    

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2012-02-17 paramétrer l'e-mail à l'INT

2012-02-16 13:47:12
  • paramétrer un nouveau compte avec son adresse lolo.toto@univ-amu.fr
  • indiquer les parametres:
    1. serveur IMAP imap.univmed.fr
    2. SSL (port 993)
    3. comme identifiant, l'identifiant univmed (de la forme toto.l)
    4. serveur SMTP smtp.univmed.fr
SERVEUR ENTRANT (imap)

Sélectionner IMAP et le nommer UNIV-AMU.

Saisir votre adresse mail prenom.nom@univ-amu.fr.

Votre login est du genre : nom.x ou nom (x est la première lettre de votre prénom)

Saisir le : Prénom NOM

L'adresse du serveur IMAP est : imap.univmed.fr

Le port est 993 avec chiffrement SSL et l'authentification est par mot de passe.

SERVEUR SORTANT (smtp)

Sélectionner SMTP et le nommer UNIV-AMU.

L'adresse du serveur IMAP est : smtp.univmed.fr

Votre login est du genre : nom.x ou nom

Le port est 465 avec chiffrement SSL et l'authentification est par mot de passe.

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2012-02-16 Tropique :-intervention Enghien

neurosciences?

Mon projet scientifique s'intéresse aux mécanismes computationnels qui sous-tendent la cognition. C'est-à-dire que l'on sait où se produisent ces mécanismes définissant la système nerveux central en un réseau de neurones connectés par des synapses et qu'ils sont supportés par des signaux électro-chimiques entre ces noeuds, mais on ne connaît pas encore totalement comment l'information qui semble être portée ces signaux peut être interprété. Ce décodage, qui est le fond de notre travail en neurosciences, à un "Graal" qui est la découverte d'un hypothétique "code neural", c'est-à-dire du langage qui est utilisé dans notre cerveau. On ne sait si cette découverte est possible; la question se pose: peut-il exister une connaissance globale du cerveau à la manière d'autres disciplines scientifiques (par exemple, la trajectoire d'une planète avec les lois de Newton?). Il est clair que le cerveau de chaque humain n'est pas assez complexe pour en délimiter la complexité, même les cerveaux mis en réseau avec toutes les communautés neuro-scientifiques, artistiques vont nous permettre dans le futur de mieux comprendre cet objet...

Nous sommes encore au Moyen-Âge d'un compréhension globale de la cognition. Il n'y a pas de brique élémentaire ou de principe universel comme cela peut l'être dans d'autres disciplines comme la mécanique, la chimie ou la logique mathématique classique. Nous sommes ici dans le domaine des sciences du complexe: on parle alors de concepts encore très jeunes par rapport à l'âge de l'humanité comme l'utilisation de mesures d'information, l'auto-organisation ou l'émergence.

des axes

Il y a de nombreuses perspectives pour le découvrir progressivement et je suis particulièrement interessé par ces axes:

  • La découverte d'algorithmes neuraux permet de construire de nouveaux paradigmes de calcul. En effet une chose que l'on sait du cerveau est qu'il n'est pas un ordinateur! au moins il n'est pas un ordinateur classique (de von Neumann) où toute l'information passe par un (ou un petit nombre) de processeurs à très grande vitesse. À le place de cela, l'architecture du système nerveux est massivement parallèle, asynchrone et adaptative. Ces nouveaux algorithmes pourront être implantées sur des puces de nouvelle génération qui sont actuellement en développement.
  • Une meilleure connaissance des mécanismes ouvre bien sûr la voie à de nombreuses applications thérapeutiques et sur un large spectre depuis le contrôle des épilepsie jusqu'à la compréhension des dégénérescences neurales. Nous appliquons au laboratoire cette démarche scientifique en nous concentrant sur les bases de la vision et en particulier sur la capacité à détecter le mouvement.
  • On le voit notre démarche scientifique est relativement large est si elle est appliquée à un cas particulier (la détection de mouvement), nous faisons en sorte qu'elle puisse toujours être approchée de façon générique à d'autres problèmes: d'autres modalités sensorielles ou cognitives mais surtout d'autres échelles d'analyses, du très petit (l'interaction de sous-parties d'un neurone) au très grand (interactions sociales).

Voilà pour une brève présentation.

Tropique

Il y a donc une grande proximité du champ d'action avec la démarche artistique d'Etienne Rey qui a conduit à l'émergence de ce projet. J'étais au début surpris de l'utilisation de mots clés (diffraction, particule, résonance, émergence, ...) et pensais qu'il étaient plus utilisés pour le pouvoir poétique de leur évocation. En fait, au cours des discussions nous nous sommes rendus compte que nous parlions le même langage et qu'une voie s'ouvre si nous confrontions nos perspectives en redéfinissant ce qui ne l'est pas encore précisément: c'est l'intérêt de Tropique en tant que chercheur en neuroscience: un espace de création dans la mise en oeuvre du projet dans la définition du "cerveau artificiel" qui va le contrôler, un espace de création imprévisible qui va naître de l'interaction avec le public.

  • la phase de gestion de l'information du mouvement de plusieurs acteurs est une prouesse technologique qui sera une épreuve du feu pour les algorithmes neuro-mimétiques que nous développons. En particulier, le concept de particule élémentaire d'information de mouvement pourra montrer son utilité à un niveau pratique,
  • explorer en pratique la résonance entre Perception et Action. Ces deux facettes de la cognition qui sont gravées dans l'anatomie du cerveau sont indissociables. Instinct Paradise donne un espace d'expérimentation qui nous permet de manipuler directement la perception d'espace d'un personne (son "aura") ainsi que ses interactions. A la manière d'une fractale nous envisageons de transposer ce niveau d'interactions sociales inter-personnes (10mx10m) sur un modèles d'interactions neurales (1cmx1cm) sur des règles similaires élémentaires de diffusion/agrégation, on envisage en particulier utiliser les données enregstrées pour les interpréter / voir les différences entre lieux, temps, configurations
  • c'est une aventure humaine, une série d'échanges, un projet que nous voulons donner à partager. À mon niveau, c'est aussi pour la reconnaissance qu'il soit porté par les institutions . À l'heure ou le seul espace public pour la science sont le mysticisme de jumeaux lipo-chirurgés ou le scpeticisme industriuex d'un ex-minstre géologiquement mamouthé, c'est un réel bonheur qu'on puisse monter un projet qui me permette de présenter quelques avancées sur notre connaissance du cerveau. Finalement, mon intérêt est aussi de pouvoir partager une bière au bar de la Friche pour discuter à bâtons rompus de concepts métaphysiques puis de plonger sur un détail très spécifique de la construction d'un détecteur ou d'imaginer les scénarios possibles d'interaction.

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2012-02-08 installing Dovecot on debian

  • master howto: https://trac.macports.org/wiki/howto/SetupDovecot

  • Install

    sudo aptitude install dovecot
    
  • Configure

    sudo vim /etc/dovecot/dovecot.conf
    
  • Mine reads (it's just meant to access imap files from the local mail server and not to serve outside the localhost):

    protocols = imaps
    listen = localhost:10943
    mail_location = maildir:~/Maildir
    protocol imap {
        ssl_listen = *:993
    }
    ssl_disable = no
    ssl_cert_file = /etc/ssl/certs/ssl-cert-snakeoil.pem
    ssl_key_file = /etc/ssl/private/ssl-cert-snakeoil.key
    
  • Reload

    sudo service dovecot restart
    

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2012-01-18 Compiling pyglet on MacOsX

2012-01-18 11:18:03
  • you may get errors if trying to install pyglet using the traditional way, using pip for instance (was my case on MacOs X Lion 10.7.0 + python 64bits from EPD or homebrew). in cause is the carbon code that has been abandonned in the 64bits libraries that come with the OS
  • the solution comes from the https://code.google.com/p/cocoa-python/ package
    1. clone the package hgclonehttps://code.google.com/p/cocoa-python
    2. insert the code in your PYTHONPATH: rsync-avcocoapy/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pyglet/libs/darwin
  • a simpler solution is to install the pyglet code from https://code.google.com/r/evilphillip-cocoa-ctypes2/ :
    1. hgclonehttps://code.google.com/r/evilphillip-cocoa-ctypes2/
    2. cdevilphillip-cocoa-ctypes2/
    3. pythonsetup.pyinstall
  • works!

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2012-01-07 installing MoinMoin on a OVH server

2012-01-07 13:15:51
  • due to a disruption on my previous server, I had to move in a rush to a new server.

  • choosing the right provider

  • getting a basic MoinMoin instance running

  • getting the path of the pages on the server using the explore.py script in http://wiki.python.org/jython/HelpOnInstalling/ApacheOnLinuxFtp

  • setting up an empty MoinMoin instance, using:

    • the following cgi-bin/index.cgi script:

       1 #!/usr/bin/python
       2
       3 import sys, os
       4
       5 sys.path.insert(0, '/homez.52/invibe/moin')
       6
       7 os.environ['FCGI_FORCE_CGI'] = 'N' # 'Y' for (slow) CGI, 'N' for FCGI
       8
       9 from MoinMoin.web.flup_frontend import CGIFrontEnd
      10 CGIFrontEnd().run()
      
    • setting up the right path in xikiconfig.py :

      1     data_dir = '/homez.52/invibe/moin/data/'
      2     data_underlay_dir = '/homez.52/invibe/moin/underlay_min/'
      3     url_prefix_static = '/moin_static193'
      4     url_mappings = {'/cgi-bin/index.cgi':'/LaurentPerrinet'}
      
    • note that I installed the htdocs as www/moin_static193

  • once functional, getting my old stuff on the new server

  • rewrite rule

  • overall, this process was not linear and quite frustrating as there is no ssh (only a ftp) access and absolutely no simple guide and worse, no logfile from apache (you see quite often an "error 500" without any cue as what is going wrong)

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