2010-10-09 nous

2010-10-09 14:59:09
  • http://en.wikipedia.org/wiki/Nous
  • Nous (pronounced /ˈnuːs/, Greek: νοῦς or νόος) is a philosophical term for mind or intellect. Outside of a philosophical context, it is used, in coloquial English, to denote "common sense," with a different pronunciation (/naʊs/), and sometimes a different spelling (nouse or nowse).

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2010-10-06 Émergence

2010-10-06 08:45:12

http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/2/2d/Automate_cellulaire_hexagonal.png

  • dossier de La recherche de février 2007: article du philosophe Michel Bitbol + entretien de Robert Laughlin + article d'exemeples + frise historique
  • article très compréhensif de Bitbol:
    1. La nature est-elle un puits sans fond?
    2. l'émergence s'oppose au réductionnisme atomiste
    3. répond à l'argument atomiste: "si l'ensemble est plus que la somme des parties, alors ces parties seront les nouveaux atomes": "la propriété émergente est autonome des parties qui la compose" (elle sont multi-réalisables ou survenantes. On observe les même organisations à différentres échelles de la physique: cristaux, cerveau, internet.
    4. d'où une nécessité de montrer la robustesse de la loi émergente par rapport à des perturbations du substrat. principe de protection.
    5. pré-existence du phénomène par rapport à la loi, qui n'est là que pour décrire (au mieux) comme pour la http://fr.wikipedia.org/wiki/Renormalisation
    6. met dans le contexte politique de la science physique (atomistes nucléaires vs. emergentistes de la matière)
    7. "L'option du "sans fond" à un avantage. En elle, la question de la base ne se pose plus en termes d'existence mais en termes de méthode." Il est dur de se déplacer du centre du monde où l'homme s'est placé. L'intelligence n'est qu'un de ces propriétés émergentes, n'est plus "l'œil divin" au centre de la ronde des éléments.

http://i.ytimg.com/vi/HuwXJlPvkhc/0.jpg

  1. article de Laughlin, moins de contenu.
  2. exemples
    1. comportements collectifs
    2. L'Équation de Langevin (1908) est une équation stochastique pour le mouvement brownien.
    3. réseaux small world
  3. frise historique
    1. anaxagore contre l'idée du vide
    2. Leibnitz: charque monade (partie) reflète le tout
    3. G. Bruno = univers infini. brulé par l'eglise (peut-être permet de mettre en lumière le sermon récent du pape sur les athées)
    4. Lewes: origine du mot émergence
    5. RM Hare: Survenance = une propriété survient sur une autre si des variations pour lea première impliquent des différences dans la seconde, mais pas nécessairement l'inverse (une définition de la causalité?)
  4. notes:
    1. on parle toujours d'objet vs des actions sur ces objets: n'est-ce pas une vision anthropomorphique de l'homo faber?
    2. et le "contrat positiviste" ? http://fr.wikipedia.org/wiki/Positivisme « La philosophie positive est l’ensemble du savoir humain, disposé suivant un certain ordre qui permet d’en saisir les connexions et l’unité et d’en tirer les directions générales pour chaque partie comme pour le tout. Elle se distingue de la philosophie théologique et de la philosophie métaphysique en ce qu’elle est d’une même nature que les sciences dont elle procède, tandis que la théologie et la métaphysique sont d’une autre nature et ne peuvent ni guider les sciences ni en être guidées ; les sciences, la théologie et la métaphysique n’ont point entre elles de nature commune. Cette nature commune n’existe qu’entre la philosophie positive et les sciences. Mais comment définirons-nous le savoir humain ? Nous le définirons l’étude des forces qui appartiennent à la matière, et des conditions ou lois qui régissent ces forces. Nous ne connaissons que la matière et ses forces ou propriétés ; nous ne connaissons ni matière sans propriétés ou propriétés sans matière. Quand nous avons découvert un fait général dans quelque une de ces forces ou propriétés, nous disons que nous sommes en possession d’une loi, et cette loi devient aussitôt pour nous une puissance mentale et une puissance matérielle ; une puissance mentale, car elle se transforme dans l’esprit en instrument de logique ; une puissance matérielle, car elle se transforme dans nos mains en moyens de diriger les forces naturelles. » — Emile Littré, Auguste Comte et la philosophie positive

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2010-10-05 gmail Exchange ActiveSync

2010-10-05 14:59:30

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2010-09-27 bundling using py2app

2010-09-28 05:44:57

using macports

  • install py2app :

    sudo port install -u  py26-py2app
    
  • there's sometimes a problem in py2app to check the right architecture to build on:

    find /opt/local -name apptemplate/setup.py
    sudo vim /opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/python2.6/site-packages/py2app/apptemplate/setup.py
    
  • in this case, this can be done by adding the following lines to py2app/apptemplate/setup.py:

    gPreBuildVariants = [
        ...
        {
            'name': 'main-x86_64',
            'target': '10.6',
            'cflags': '-isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk -arch x86_64',
            'cc': 'gcc-4.2',
        },
        {
            'name': 'main-i386',
            'target': '10.6',
            'cflags': '-isysroot / -arch i386',
            'cc': 'gcc-4.2',
        },
        ...
    ]
    

    . So, change to

    gPreBuildVariants = [
        {
            'name': 'main-x86_64',
            'target': '10.5',
            'cflags': '-isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk -arch x86_64',
            'cc': 'gcc-4.2',
         },
    #     {
    #         'name': 'main-universal',
    #         'target': '10.5',
    #         'cflags': '-isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk -arch i386 -arch ppc -arch ppc64 -arch x86_64',
    #         'cc': 'gcc-4.2',
    #     },
    #     {
    #         'name': 'main-fat3',
    #         'target': '10.5',
    #         'cflags': '-isysroot / -arch i386 -arch ppc -arch x86_64',
    #         'cc': 'gcc-4.2',
    #     },
    #     {
    #         'name': 'main-intel',
    #         'target': '10.5',
    #         'cflags': '-isysroot / -arch i386 -arch x86_64',
    #         'cc': 'gcc-4.2',
    #     },
    #     {
    #         'name': 'main-fat',
    #         'target': '10.3',
    #         'cflags': '-isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.4u.sdk -arch i386 -arch ppc',
    #         'cc': 'gcc-4.0',
    #     },
    ]
    

using homebrew

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2010-09-09 Journée de l'IFR 131 -Sciences du Cerveau et de la Cognition

2010-09-09 06:49:06

Aujourd'hui avait lieu la journée de l'IFR, pendant laquelle nous sommes intervenu avec F._X. Alario et A. Montagnini sur le thème de la variabilité comportementale.

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2010-09-03 A neurocentric approach to Bayesian inference

2010-09-03 08:34:14
  • one-page paper arguing that Friston's free-energy view may not be complete. Some points made are
    1. the inversion operated assumes a generative model
    2. the use of surprise is defined using a frequentist approach not informational
      • one idea : from the frequentist measure one one can derive a conditional probability (a Xhi-2 distribution) of the probability. Not very far to the idea of Sahani & Dayan of a double probabilistic distribution
    3. explore surprise or avoid it: Fiorillo makes here a confusion of time scales. On the long term (learning) one tends to avoid surprise, on the short term (coding) this implies one jumps one surprise.
    4. points to his PLoS one paper: Fiorillo, C. D. Towards a general theory of neural computation based on prediction by single neurons. PLoS ONE 3, e3298 (2008)
  • once again, people love bipolarity: frequentists against probabilists, top-down vs. bottom-up, neurocentric vs global. neurons, areas, brains, groups of brains just don't care and evolve. it is our description that can be multiple. does a single one ("unified theory") exists iun today's language? at least I am convinced that (over generations) neurons adapt to behavior not the inverse, thus that if one has to seek for an information measure, it is certainly not in a ion's channel dynamic only.
  • the answer of Friston goes into that direction / correctly defines surprise / nice figure showing how one can learn "to be a Lorenz attractor" (certainly assuming a generative model of dynamics)
  • the open question is rather "how is the free-energy principle encoded in the brain's architecture and dynamics?"

reference

  • Christopher D. Fiorillo. A neurocentric approach to Bayesian inference, URL . Nature Reviews Neuroscience, 11(8):605, 2010

    A primary function of the brain is to infer the state of the world in order to determine which motor behaviours will best promote adaptive fitness. Bayesian probability theory formally describes how rational inferences ought to be made, and it has been used with great success in recent years to explain a range of perceptual and sensorimotor phenomena1, 2, 3, 4, 5. .

  • Karl Friston. Is the free-energy principle neurocentric?, URL . Nature Reviews Neuroscience, 11(8):605, 2010

    Recently, a free-energy formulation of brain function was reviewed in relation to several other neurobiological theories (The free-energy principle: a unified brain theory? Nature Rev. Neurosci. 11, 127–138 (2010) .

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2010-08-31 managing packages on MacOsX : testing HomeBrew

2010-08-31 09:11:31
  • a newcomer after fink and MacPorts: http://wiki.github.com/mxcl/homebrew/

  • advertised here

  • install

     $ ruby -e "$(curl -fsS http://gist.github.com/raw/323731/install_homebrew.rb)"
    ==> This script will install:
    /usr/local/bin/brew
    /usr/local/Library/Formula/...
    /usr/local/Library/Homebrew/...
    
    Press enter to continue
    ==> Downloading and Installing Homebrew...
    ==> Installation successful!
    
  • fix permissions

    $ sudo chown -R `whoami` /usr/local
    
  • to install python specific stuff, use pip:

    brew install pip
    echo '[install]
    install-scripts=/usr/local/Cellar/PyPi/2.6/bin
    install-data=/usr/local/Cellar/PyPi/2.6/share' > ~/.pydistutils.cfg
    pip install ipython
    
  • this is with the exception of numpy + scipy, the latter needing

    cd tmp
    svn co http://svn.scipy.org/svn/numpy/trunk numpy
    pip install numpy
    
    brew install suite-sparse
    svn co http://svn.scipy.org/svn/scipy/trunk scipy
    pip install scipy
    

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2010-08-30 Terminal.app shortcuts

2010-08-31 09:35:58
  • from http://superuser.com/questions/52483/terminal-tips-and-tricks-for-mac-os-x

    To make Ctrl← and Ctrl→  useful again, that is going a word forward or backward like they usually do on Linux, you must make Terminal.app send the right string to the shell. In the preferences, go to the Settings tab and select your default profile. Go to Keyboard and set control cursor left and control cursor right to send string \033b and \033f respectively.
    
    While your're at it, you can also fix Home (\033[H), End (\033[F), Page Up (\033[5~) and Page Down (\033[6~) so that they send those keys to the shell instead of scrolling the buffer.
    

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2010-08-29 System Updates

  • install a package

    sudo installer -pkg <chemin d’accès au paquet> -target /
    
  • CLI for Software Updates :

    sudo softwareupdate -i -a
    

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2010-08-11 getting the PID from matlab

2010-08-11 07:45:20
  • I need the pid to know if one of the many simulations I run are still running. There's no native solution in matlab to my knowledge.

  • using hint @ http://www.mathworks.cn/matlabcentral/newsreader/view_thread/268529

  • create getpid.c with

    1 #include "mex.h"
    2 #include <unistd.h>
    3 mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[ ], int nrhs, const mxArray *prhs[ ])
    4 {
    5   plhs[0] = mxCreateDoubleScalar((double) getpid());
    6 }
    
  • compile with mexgetpid.c

  • use in matlab as pid=getpid()

  • this is part of the package in SparseHebbianLearning

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