2012-11-07 craac 2012

https://crac.dsi.cnrs.fr/image/logo_cnrs.gif Compte rendu annuel d'activité des chercheurs du CNRSAnnée 2011 - 2012

Identité

Nom (nom de jeune fille)

PERRINET

Prénom

Laurent

Date de naissance

23/02/1973

Grade

CR1

N° d'agent

00024609

Téléphone

04 91 32 40 44

Télécopie

04 91 32 40 56

Adresse électronique

laurent.perrinet@univ-amu.fr

Section(s) du Comité National

7

Département scientifique

Institut des sciences biologiques

Délégation régionale

Provence et Corse

Affectation

Intitulé de l'unité

Institut des Neurosciences de la Timone

Code unité

UMR7289

Directeur

Guillaume MASSON

Adresse électronique du directeur

guillaume.masson@univ-amu.fr

Adresse

INT - 27 boulevard Jean Moulin

13385 MARSEILLE CEDEX 05

France

Téléphone

04 91 32 40 10

Télécopie

Délégation

Provence et Corse

Site Web

Distinction(s)

Qualification

Habilitation à diriger des recherches

non

Doctorat d'Etat

non

Doctorat

oui

Année d'obtention

2003

Qualification "Maître de conférences"

non

Qualification "Professeur"

non

Période d'inactivité

Mobilité(s) antérieure(s)

Autre demande Au sein de mission longue Du 01/11/2010 Au 31/01/2012

Activités de recherche développées

Rattachement à(aux) activité(s) de recherche de l'unité UMR7289

Intitulé d'activité Date fin du rattachement
Inférence et Comportement visuel - InViBe

Mots clés des sections/CID du Comité national

Section 26 : Modélisation des processus cognitifs et neurosciences computationnelles

Points forts de vos activités de recherche et /ou informations complémentaires

Mon objectif de recherche est d’étendre la compréhension des modèles des facultés cognitives sous la forme de réseaux de neurones impulsionnels qui réalisent des algorithmes de perception visuelle. En effet, les brèves impulsions du potentiel de membrane se propageant au fil des neurones sont une caractéristique universelle des systèmes nerveux et permettent de construire des modèles événementiels efficaces de traitement dynamique de l’information. Dans un but fonctionnel, je désire notamment implanter dans ces modèles des stratégies d’inférence grâce à des mécanismes d’apprentissage auto-organisés fixant les relations spatio-temporelles entre les neurones. Dans le cadre du projet BrainScaleS, nous envisageons la création de nouveaux types d'algorithmes basés sur ces recherches.

Publication(s), parue(s) ou sous presse, dans des revues à comité de lecture

Référence
Amarender Bogadhi, Anna Montagnini, Pascal Mamassian, Laurent U. Perrinet, and Guillaume S. Masson. Pursuing motion illusions: a realistic oculomotor framework for bayesian inference. Vision Research, 51(8):867-80, 2011.
Claudio Simoncini, Laurent U. Perrinet, Anna Montagnini, Pascal Mamassian, Guillaume S. Masson. More is not always better: dissociation between perception and action explained by adaptive gain control. Nature Neuroscience, 2012.
Guillaume S. Masson and Laurent U. Perrinet. The behavioral receptive field underlying motion integration for primate tracking eye movements. Neuroscience and biobehavioral reviews, March 2011. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21421006
Guillaume S. Masson, Laurent U. Perrinet. The behavioral receptive field underlying motion integration for primate tracking eye movements. Neuroscience and biobehavioral reviews, 2012.
Karl Friston, Rick A. Adams, Laurent Perrinet, Michael Breakspear. Perceptions as Hypotheses: Saccades as Experiments, URL . Frontiers in Psychology, 3, 2012
Laurent Perrinet. Qui créera le premier calculateur intelligent? Interstices, 2011. http://interstices.info/jcms/i_62190/qui-creera-le-premier-ordinateur-intelligent
Laurent U Perrinet et al. Motion-based prediction is sufficient to solve the aperture problem. Neural Computation 2012 24 10 2726-50
Laurent U. Perrinet, Rick A. Adams, Karl Friston. Active Inference, tracking eye movements and oculomotor delays. Submitted.
  1. Voges, L. Perrinet. Complex dynamics in recurrent cortical networks based on spatially realistic connectivities . Frontiers in Computational Neuroscience, 6, 2012
Paula Sanz Leon et al. Motion clouds: model-based stimulus synthesis of natural-like random textures for the study of motion perception. Journal of Neurophysiology 2012 107 11 3217-26
Rick A. Adams, Laurent U. Perrinet, Karl Friston. Smooth Pursuit and Visual Occlusion: Active Inference and Oculomotor Control in Schizophrenia, URL . PLoS ONE, 7(10):e47502+, 2012

Publication(s), parue(s) ou sous presse, dans des revues sans comité de lecture

Ouvrage(s) ou chapitre(s) d'ouvrage(s), paru(s) ou sous presse

Participation à des manifestations scientifiques

Manifestation

Atelier Neurosciences Computationnelles, 2-3 Juillet 2011

Type de manifestation

Workshop ( national )

Lieu

Khemisset, Maroc ( Maroc )

Durée

2 (jour(s))

Intervention(s)

http://www.incm.cnrs-mrs.fr/LaurentPerrinet/Presentations/11-07-02_NeuroMedTalk

Manifestation

BCCN

Type de manifestation

Conférence ( national )

Lieu

Heidelberg ( Allemagne )

Durée

3 (jour(s))

Intervention(s)

Nicole Voges and Laurent Perrinet. Variations of horizontal cortical
network structures and their corresponding state space dynamics. 2011.
par Voges
    Affiche/poster

Manifestation

CNS*2011

Type de manifestation

Conférence ( international )

Lieu

Berlin ( Allemagne )

Durée

5 (jour(s))

Intervention(s)

Mina A. Khoei, Laurent Perrinet, and Guillaume S. Masson. Motion-based
predictive coding is sufficient to solve the aperture problem. par Khoei
    Affiche/poster

Manifestation

ECVP

Type de manifestation

Conférence ( international )

Lieu

Stockholm ( Suède )

Durée

5 (jour(s))

Intervention(s)

Mina A. Khoei, Laurent U. Perrinet, Amarender R. Bogadhi, Anna
Montagnini, and Guillaume S. Masson. Role of motion inertia in dynamic
motion integration for smooth pursuit. In Ricardo Carmona and al. par
Khoei
    Affiche/poster

Manifestation

ERMITES 2011 Décomposition Parcimonieuse, Abstraction et Structuration pour l'Analyse de Scènes Complexes

Type de manifestation

Workshop ( international )

Lieu

Porquerolles ( FRANCE )

Durée

3 (jour(s))

Intervention(s)

Edge statistics in natural images versus laboratory animal
environments: implications for understanding lateral connectivity in V1
par Perrinet
    Communication orale

Manifestation

From Mathematical Image Analysis to Neurogeometry of the Brain http://www.incm.cnrs-mrs.fr/LaurentPerrinet/Presentations/10-12-17_TaucTalk

Type de manifestation

Conférence ( international )

Lieu

Paris ( FRANCE )

Durée

2 (jour(s))

Intervention(s)

Mina Aliakbari Khoei, Laurent Perrinet, and Guillaume S. Masson.
Dynamical emergence of a neural solution for motion integration. In
Proceedings of Tauc, 2010 par Khoei
    Affiche/poster

Manifestation

Société des Neurosciences

Type de manifestation

Conférence ( national )

Lieu

Marseille ( FRANCE )

Durée

4 (jour(s))

Intervention(s)

Mina A. Khoei, Laurent Perrinet, and Guillaume S. Masson. Dynamical
solution for aperture problem using motion-based predictive coding. In
10th meeting of the Société des Neurosciences par Khoei
    Affiche/poster

Manifestation

Society for Neuroscience - http://invibe.net/LaurentPerrinet/Publications/Perrinet11sfn

Type de manifestation

Conférence ( international )

Lieu

Washington ( Etats-Unis )

Durée

6 (jour(s))

Intervention(s)

Laurent Perrinet, David Fitzpatrick, and James A. Bednar. Edge
statistics in natural images versus laboratory animal environments:
implications for understanding lateral connectivity in V1. par perrinet
    Communication orale

Manifestation

Using the ESS + Neuromorphic hardware Workshop, 5th Oktober, 2011

Type de manifestation

Workshop ( international )

Lieu

TU Dresden, Germany, 2011 ( Allemagne )

Durée

4 (jour(s))

Intervention(s)

Demo 1, Task4: Implementation of models showing emergence of cortical
fields and maps,
http://invibe.net/LaurentPerrinet/Presentations/11-10-05_BrainScalesESS
par Laurent Perrinet
    Communication orale

Manifestation

Vision Science Society

Type de manifestation

Conférence ( international )

Lieu

Naples ( Etats-Unis )

Durée

6 (jour(s))

Intervention(s)

Measuring speed of moving textures: Different pooling of motion information for human ocular following and perception. par Claudio Simoncini, Anna Montagnini, Laurent U. Perrinet, Guillaume S. Masson.

Activité éditoriale

Type d'intervention

Rapporteur/Relecteur dans des revues

Type de document

Revues

Informations complémentaires

IEEE TIP

Type d'intervention

Rapporteur/Relecteur dans des revues

Type de document

Revues

Informations complémentaires

Evolving Systems

Type d'intervention

Rapporteur/Relecteur dans des revues

Type de document

Autres

Informations complémentaires

Neural Computation

Type d'intervention

Rapporteur/Relecteur dans des revues

Type de document

Informations complémentaires

Journal of Physiology (Paris)

Type d'intervention

Rapporteur/Relecteur dans des revues

Type de document

Informations complémentaires

Conférence NeuroComp 2011

Type d'intervention

Rapporteur/Relecteur dans des revues

Type de document

Informations complémentaires

Neurocomputing

Type d'intervention

Rapporteur/Relecteur dans des revues

Type de document

Revues

Informations complémentaires

PLoS Computational Biology

Type d'intervention

Rapporteur/Relecteur dans des revues

Type de document

Revues

Informations complémentaires

Neural Networks

Type d'intervention

Rapporteur/Relecteur dans des revues

Type de document

Revues

Informations complémentaires

Circuits, Systems and Signal Processing

Séjour(s) dans d'autres laboratoires

Objet

Collaboration avec Karl Friston sur les modèles de Free energy.

Organisme

University College of London

Pays

Royaume-Uni

Unité

Wellcome Trust Centre for Neuroimaging / FIL

Durée annuelle

365 (j)

Mission(s) sur le terrain

Formation personnelle

Collaborations

Organisme partenaire

INRIA

Pays

FRANCE ( Europe )

Unité partenaire

Odyssee

Intitulé

Sophia

Cadre de la coopération

AUTRE - FACETS

Nature de l'activité

Organisme partenaire University Freiburg
Pays Allemagne ( Europe )
Unité partenaire BrainScaleS
Intitulé BrainScaleS
Cadre de la coopération AUTRE - BrainScaleS
Nature de l'activité Participation à un réseau

Organisme partenaire

University Ulm

Pays

Allemagne ( Europe )

Unité partenaire

NeuroInformatics

Intitulé

Perception of Motion

Cadre de la coopération

Nature de l'activité

Organisme partenaire Wellcome Trust Centre for Neuroimaging
Pays Royaume-Uni ( Europe )
Unité partenaire Karl Friston
Intitulé FreeMove, a free-energy approach to eye movements
Cadre de la coopération AUTRE - projet de MAD accepté scientifiquement, refusé administrativement. Remplacé par une mission longue durée.
Nature de l'activité mission longue durée

Encadrement et animation scientifique

Chercheurs

CNRS

Enseignement supérieur

Autres EPST

Autres

Total

0

0

0

1
    Thésarde en CDD sur contrat FACETS-ITN

1

Doctorants

Thèse

Doctorants étrangers

Doctorants ayant soutenu une thèse

Total

Direction

Codirection

1

2

1

0

3

IT

Stagiaires

IT CNRS

IT non CNRS

Total

Master 2

Licence, master 1

Ecole d'ingénieur

IUT

Autre

Total

0

0

0

2

0

0

0

1

3

Animation scientifique
* Projet artistique en collaboration avec Etienne Rey de la friche Belle de Mai dans le cadre de Marseille Provence capitale européenne de la culture 2013 * écriture d'articles de vulgarisation pour interstices (INRIA), docSciences (CRDP) et de traduction en arabe pour le projet NeuroMed * Participation au réseau NeuroComp.fr * Animation d'un réseau marseillais des NeuroComp * Enseignement au master Bio-Phy à Luminy

Enseignement

Valorisation et partenariat

Vulgarisation

Type d'information Intitulé Type de participation
Exposition projet "TROPIQUE", label "Marseille-Provence capitale européenne de la culture 2013" Conseil scientifique
Presse écrite Qui créera le premier calculateur intelligent? Interstices, 2011. Participation ponctuelle

Administration de la recherche

  • Management et gestion
Membre CLAS GLM de Marseille-Joseph Aiguier

2012-09-30 discover ports on MacOSX

  • the network utility GUI is useful, but you may get the same results via the command line:
$ cd /Applications/Utilities/Network\ Utility.app/Contents/Resources/
$ ./stroke nas-meduz.local 548 550
Port Scanning host: 192.168.0.5

         Open TCP Port:         548             afpovertcp
$ ./stroke shazam.dyndns.org 548 550
Port Scanning host: 82.231.23.196

         Open TCP Port:         548             afpovertcp

2012-09-04 connecting a linux client to a QNAP's LDAP server

2012-08-27 installing Dovecot on QNAP

  • master howto: http://forum.qnap.com/viewtopic.php?f=143&t=33376&start=30
  • Configure
    sh xdove.sh stop
    cd /share/HDA_DATA/.qpkg/XDove
    vim dovecot/etc/dovecot/dovecot.conf
  • Mine reads (it's just meant to access imap files from the local mail server and not to serve outside the localhost):
    auth_user = admin
    login_user = dovecot
    login_chroot = no
    protocols = imaps
    listen = localhost:993
    log_path = /var/log/dovecot/dovecot.log
    info_log_path = /var/log/dovecot/dovecot-info.log
    #ssl_disable = yes
    #ssl = no
    #disable_plaintext_auth = no
    ssl = yes
    ssl_cert_file = /etc/stunnel/stunnel.pem
    ssl_key_file = /etc/stunnel/stunnel.pem
    mail_location = maildir:/var/MailRoot/domains/%d/%n/Maildir
    first_valid_uid = 10
    
    dotlock_use_excl=yes
    mailbox_idle_check_interval = 30
    maildir_stat_dirs = no
    maildir_copy_with_hardlinks = no
    
    auth_executable = /usr/libexec/dovecot/dovecot-auth
    auth_username_chars = abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ01234567890.-_@
    auth_verbose = yes
    auth_debug = yes
    auth_debug_passwords = yes
    mail_debug = yes
    
    protocol imap {
    #       login_greeting_capability = yes
            imap_client_workarounds = tb-extra-mailbox-sep
            login_executable = /usr/libexec/dovecot/imap-login
            mail_executable = /usr/libexec/dovecot/imap
            #imap_client_workarounds = outlook-idle
    }
    
    auth default {
           mechanisms = plain
           passdb checkpassword {
           args = /usr/bin/checkpassword
           }
    
           userdb static {
           args = uid=xmail gid=xmail home=/var/MailRoot/domains/%d/%n/Maildir
           }
    }
  • Reload
    sh xdove.sh restart

2012-07-24 Make PDF files searchable and copyable

  • The cmap package is intended to make the PDF files generated by pdflatex "searchable and copyable" in acrobat reader and other compliant PDF viewers.
  • Just put the line \usepackage{cmap} at the beginning of your preamble, and it will pre-load the needed CMap translations for the fonts used in the document, provided that there exists the file <encoding>.cmap for the font encoding.
  • more @ http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/cmap/

2012-07-10 using and re-using metadata in LaTeX

Introduire des metas / Include meta keywords

  • pour mieux référencer votre papier, introduisez des metas en ajoutant avant le \begin{document}  la commande
    \hypersetup{%
      pdftitle={my title},%
      pdfsubject={short description},%
      pdfauthor={Laurent Perrinet <Laurent.Perrinet@univ-amu.fr.fr>, INT/CNRS, 31, ch. Joseph Aiguier, 13402 Marseille Cedex 20, France; http://invibe.net/LaurentPerrinet},%
      pdfkeywords={Neuronal representation, ....},%
    }
  • vous aurez besoin auparavant de charger le package hyperref:
    \usepackage[pdftex, pdfusetitle ,colorlinks=false, pdfborder={0 0 0}]{hyperref}%

variables

  • the basics is to use variables within LaTex
  • for instance, these may be useful to define a switch
    \let \mode=0
    \if 1\mode
     truc...truc...truc
    \else
    \fi

complete example

  • even better, we can use string variables
    \documentclass[11pt]{article}
    %-------definitions-----
    \newcommand{\Author}{Laurent Perrinet}
    \newcommand{\Address}{INT}
    \newcommand{\Website}{http://invibe.net/LaurentPerrinet}
    \newcommand{\Email}{Laurent.Perrinet@incm.cnrs-mrs.fr}
    \newcommand{\Title}{My title}
    \newcommand{\Keywords}{my first keyword, my first keyword, more keywords.}
    %--------------------------
    \usepackage{url}
    \usepackage[pdftex, pdfusetitle,colorlinks=false,pdfborder={0 0 0}]{hyperref}%
    \hypersetup{%
    pdftitle={\Title},%
    pdfauthor={\Author < \Email > \Address - \Website},%
    pdfkeywords={\Keywords},%
    }%
    \begin{document}
    \title{\Title}
    \author{\Author\thanks{\Address , e-mail: \Email , WWW: \Website }}
    \date{}
    \maketitle
    {\bf Keywords:} \Keywords %
    
    My text is here...
    
    \end{document}

2012-06-12 racourci pour accéder à une page INIST

  • dans un journalqui nécessite un abonnement pour accéder au contenu, il faut passer par le serveur de l'INIST.
  • pour ne pas avoir à taper ".gate1.inist.fr" pour accéder au texte d'un papier, on peut utiliser un bookmarklet avec comme adresse:
    javascript:window.location=window.location.protocol+'//'+window.location.hostname+".gate1.inist.fr"+window.location.pathname;
  • maintenant, sur la page incriminée, cliquer sur ce bookmark, et voilà.
  • pour en savoir plus sur les bookmarklets, suivre https://support.mozilla.org/en-US/kb/bookmarklets-perform-common-web-page-tasks .

2012-04-30 rotating a video using ffmpeg

  • turn to the right
    ffmpeg  -i  2012-04-29\ 19.31.32.mov  -vf "transpose=1" -sameq -y 2012-04-29\ 19.31.32_right.mov
  • turn to the left
    ffmpeg -i  2012-04-29\ 19.31.32.mov  -vf "transpose=3" -sameq 2012-04-29\ 19.31.32_left.mov
  • upside down
    ffmpeg -i  2012-04-29\ 19.31.32.mov  -vf "transpose=2" -sameq 2012-04-29\ 19.31.32_left.mov
  • made some scripts:
    $ vim ~/bin/video_rotate.sh
    $ chmod +x ~/bin/video_rotate.sh
    
    $ cat  ~/bin/video_rotate.sh
    #! /usr/bin/env bash
    ORIGINAL_IFS=$IFS
    IFS=$'\n'
    ffmpeg  -i $1 -v 0  -vf "transpose=$2"  -qscale 0 -y tmp.mov && mv tmp.mov $1
    IFS=$ORIGINAL_IFS
    
    $ video_rotate.sh 2012-04-29_19.31.32.mov 1