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2012-03-05 Completely disable quarantine of downloaded files

copy and paste from http://hints.macworld.com/article.php?story=20091208050655947

Starting in Leopard when you open a file downloaded from the web, OS X asks if you really mean it. While it is intended to stop maliciousness, it is only a source of aggravation for me. While there are some hints here on working around it, it turns out that you can disable it completely using a Terminal command:

defaults write com.apple.LaunchServices LSQuarantine -bool NO

After that, reboot.

To know the state of your system, use

defaults read com.apple.LaunchServices LSQuarantine

, to go back to default, use

defaults write com.apple.LaunchServices LSQuarantine -bool YES

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2012-02-22 access spawn

  • Finder / Pomme-K / smb://10.164.0.66

  • CLI

    mkdir /Volumes/work ; mount_smbfs smb://perrinet@10.164.0.66/work /Volumes/work
    
  • CLI

    umount /Volumes/work
    

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2012-02-17 paramétrer l'e-mail à l'INT

2012-02-16 13:47:12
  • paramétrer un nouveau compte avec son adresse lolo.toto@univ-amu.fr
  • indiquer les parametres:
    1. serveur IMAP imap.univmed.fr
    2. SSL (port 993)
    3. comme identifiant, l'identifiant univmed (de la forme toto.l)
    4. serveur SMTP smtp.univmed.fr
SERVEUR ENTRANT (imap)

Sélectionner IMAP et le nommer UNIV-AMU.

Saisir votre adresse mail prenom.nom@univ-amu.fr.

Votre login est du genre : nom.x ou nom (x est la première lettre de votre prénom)

Saisir le : Prénom NOM

L'adresse du serveur IMAP est : imap.univmed.fr

Le port est 993 avec chiffrement SSL et l'authentification est par mot de passe.

SERVEUR SORTANT (smtp)

Sélectionner SMTP et le nommer UNIV-AMU.

L'adresse du serveur IMAP est : smtp.univmed.fr

Votre login est du genre : nom.x ou nom

Le port est 465 avec chiffrement SSL et l'authentification est par mot de passe.

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2012-02-16 Tropique :-intervention Enghien

neurosciences?

Mon projet scientifique s'intéresse aux mécanismes computationnels qui sous-tendent la cognition. C'est-à-dire que l'on sait où se produisent ces mécanismes définissant la système nerveux central en un réseau de neurones connectés par des synapses et qu'ils sont supportés par des signaux électro-chimiques entre ces noeuds, mais on ne connaît pas encore totalement comment l'information qui semble être portée ces signaux peut être interprété. Ce décodage, qui est le fond de notre travail en neurosciences, à un "Graal" qui est la découverte d'un hypothétique "code neural", c'est-à-dire du langage qui est utilisé dans notre cerveau. On ne sait si cette découverte est possible; la question se pose: peut-il exister une connaissance globale du cerveau à la manière d'autres disciplines scientifiques (par exemple, la trajectoire d'une planète avec les lois de Newton?). Il est clair que le cerveau de chaque humain n'est pas assez complexe pour en délimiter la complexité, même les cerveaux mis en réseau avec toutes les communautés neuro-scientifiques, artistiques vont nous permettre dans le futur de mieux comprendre cet objet...

Nous sommes encore au Moyen-Âge d'un compréhension globale de la cognition. Il n'y a pas de brique élémentaire ou de principe universel comme cela peut l'être dans d'autres disciplines comme la mécanique, la chimie ou la logique mathématique classique. Nous sommes ici dans le domaine des sciences du complexe: on parle alors de concepts encore très jeunes par rapport à l'âge de l'humanité comme l'utilisation de mesures d'information, l'auto-organisation ou l'émergence.

des axes

Il y a de nombreuses perspectives pour le découvrir progressivement et je suis particulièrement interessé par ces axes:

  • La découverte d'algorithmes neuraux permet de construire de nouveaux paradigmes de calcul. En effet une chose que l'on sait du cerveau est qu'il n'est pas un ordinateur! au moins il n'est pas un ordinateur classique (de von Neumann) où toute l'information passe par un (ou un petit nombre) de processeurs à très grande vitesse. À le place de cela, l'architecture du système nerveux est massivement parallèle, asynchrone et adaptative. Ces nouveaux algorithmes pourront être implantées sur des puces de nouvelle génération qui sont actuellement en développement.
  • Une meilleure connaissance des mécanismes ouvre bien sûr la voie à de nombreuses applications thérapeutiques et sur un large spectre depuis le contrôle des épilepsie jusqu'à la compréhension des dégénérescences neurales. Nous appliquons au laboratoire cette démarche scientifique en nous concentrant sur les bases de la vision et en particulier sur la capacité à détecter le mouvement.
  • On le voit notre démarche scientifique est relativement large est si elle est appliquée à un cas particulier (la détection de mouvement), nous faisons en sorte qu'elle puisse toujours être approchée de façon générique à d'autres problèmes: d'autres modalités sensorielles ou cognitives mais surtout d'autres échelles d'analyses, du très petit (l'interaction de sous-parties d'un neurone) au très grand (interactions sociales).

Voilà pour une brève présentation.

Tropique

Il y a donc une grande proximité du champ d'action avec la démarche artistique d'Etienne Rey qui a conduit à l'émergence de ce projet. J'étais au début surpris de l'utilisation de mots clés (diffraction, particule, résonance, émergence, ...) et pensais qu'il étaient plus utilisés pour le pouvoir poétique de leur évocation. En fait, au cours des discussions nous nous sommes rendus compte que nous parlions le même langage et qu'une voie s'ouvre si nous confrontions nos perspectives en redéfinissant ce qui ne l'est pas encore précisément: c'est l'intérêt de Tropique en tant que chercheur en neuroscience: un espace de création dans la mise en oeuvre du projet dans la définition du "cerveau artificiel" qui va le contrôler, un espace de création imprévisible qui va naître de l'interaction avec le public.

  • la phase de gestion de l'information du mouvement de plusieurs acteurs est une prouesse technologique qui sera une épreuve du feu pour les algorithmes neuro-mimétiques que nous développons. En particulier, le concept de particule élémentaire d'information de mouvement pourra montrer son utilité à un niveau pratique,
  • explorer en pratique la résonance entre Perception et Action. Ces deux facettes de la cognition qui sont gravées dans l'anatomie du cerveau sont indissociables. Instinct Paradise donne un espace d'expérimentation qui nous permet de manipuler directement la perception d'espace d'un personne (son "aura") ainsi que ses interactions. A la manière d'une fractale nous envisageons de transposer ce niveau d'interactions sociales inter-personnes (10mx10m) sur un modèles d'interactions neurales (1cmx1cm) sur des règles similaires élémentaires de diffusion/agrégation, on envisage en particulier utiliser les données enregstrées pour les interpréter / voir les différences entre lieux, temps, configurations
  • c'est une aventure humaine, une série d'échanges, un projet que nous voulons donner à partager. À mon niveau, c'est aussi pour la reconnaissance qu'il soit porté par les institutions . À l'heure ou le seul espace public pour la science sont le mysticisme de jumeaux lipo-chirurgés ou le scpeticisme industriuex d'un ex-minstre géologiquement mamouthé, c'est un réel bonheur qu'on puisse monter un projet qui me permette de présenter quelques avancées sur notre connaissance du cerveau. Finalement, mon intérêt est aussi de pouvoir partager une bière au bar de la Friche pour discuter à bâtons rompus de concepts métaphysiques puis de plonger sur un détail très spécifique de la construction d'un détecteur ou d'imaginer les scénarios possibles d'interaction.

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2012-02-08 installing Dovecot on debian

  • master howto: https://trac.macports.org/wiki/howto/SetupDovecot

  • Install

    sudo aptitude install dovecot
    
  • Configure

    sudo vim /etc/dovecot/dovecot.conf
    
  • Mine reads (it's just meant to access imap files from the local mail server and not to serve outside the localhost):

    protocols = imaps
    listen = localhost:10943
    mail_location = maildir:~/Maildir
    protocol imap {
        ssl_listen = *:993
    }
    ssl_disable = no
    ssl_cert_file = /etc/ssl/certs/ssl-cert-snakeoil.pem
    ssl_key_file = /etc/ssl/private/ssl-cert-snakeoil.key
    
  • Reload

    sudo service dovecot restart
    

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2012-01-18 Compiling pyglet on MacOsX

2012-01-18 11:18:03
  • you may get errors if trying to install pyglet using the traditional way, using pip for instance (was my case on MacOs X Lion 10.7.0 + python 64bits from EPD or homebrew). in cause is the carbon code that has been abandonned in the 64bits libraries that come with the OS
  • the solution comes from the https://code.google.com/p/cocoa-python/ package
    1. clone the package hgclonehttps://code.google.com/p/cocoa-python
    2. insert the code in your PYTHONPATH: rsync-avcocoapy/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pyglet/libs/darwin
  • a simpler solution is to install the pyglet code from https://code.google.com/r/evilphillip-cocoa-ctypes2/ :
    1. hgclonehttps://code.google.com/r/evilphillip-cocoa-ctypes2/
    2. cdevilphillip-cocoa-ctypes2/
    3. pythonsetup.pyinstall
  • works!

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2012-01-07 installing MoinMoin on a OVH server

2012-01-07 13:15:51
  • due to a disruption on my previous server, I had to move in a rush to a new server.

  • choosing the right provider

  • getting a basic MoinMoin instance running

  • getting the path of the pages on the server using the explore.py script in http://wiki.python.org/jython/HelpOnInstalling/ApacheOnLinuxFtp

  • setting up an empty MoinMoin instance, using:

    • the following cgi-bin/index.cgi script:

       1 #!/usr/bin/python
       2
       3 import sys, os
       4
       5 sys.path.insert(0, '/homez.52/invibe/moin')
       6
       7 os.environ['FCGI_FORCE_CGI'] = 'N' # 'Y' for (slow) CGI, 'N' for FCGI
       8
       9 from MoinMoin.web.flup_frontend import CGIFrontEnd
      10 CGIFrontEnd().run()
      
    • setting up the right path in xikiconfig.py :

      1     data_dir = '/homez.52/invibe/moin/data/'
      2     data_underlay_dir = '/homez.52/invibe/moin/underlay_min/'
      3     url_prefix_static = '/moin_static193'
      4     url_mappings = {'/cgi-bin/index.cgi':'/LaurentPerrinet'}
      
    • note that I installed the htdocs as www/moin_static193

  • once functional, getting my old stuff on the new server

  • rewrite rule

  • overall, this process was not linear and quite frustrating as there is no ssh (only a ftp) access and absolutely no simple guide and worse, no logfile from apache (you see quite often an "error 500" without any cue as what is going wrong)

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2011-07-25 computational and theoretical neuroscience

2011-07-25 09:45:31

the poll

  • On april 1st, 2011, I sent the following message to the comp-neuro and connectionists lists: (see http://www.neuroinf.org/pipermail/comp-neuro/2011-April/002613.html

  • Dear list
    
    A recent paper in PLoS Computational Biology
    
    > The Roots of Bioinformatics in Theoretical Biology
    > Paulien Hogeweg
    > Volume 7(3) March 2011 http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1002021
    
    makes a point in the evolution of the meaning of the field of bioinformatics with the advent of data-driven modeling.
    
    The same seems to have appeared in computational neuroscience. The sense slowly drifted from the original papers (such as Science, Vol. 241, No. 4871, 1988, pp. 1299-1306. by T. J. Sejnowski, C. Koch, P. S. Churchland) which I believed is perfectly captured in the sentence: "The ultimate aim of computational neuroscience is to explain how electrical and chemical signals are used in the brain to represent and process information."  (this does not exclude using computers of course).
    
    It seems to be solely a semantical problem, but this may generate some confusion (realpolitik translation: "and this may hinder the efficiency of your grant proposal"). Recently an (anonymous) colleague told me they called their group "computational AND theoretical neuroscience" (just as these two fields where separated) out of the lack of consensus on the meaning of words and to not exclude anyone. Nowadays, even in the university, there is a continuum of fields combining biology,  mathematics or computer science and all computational neuroscientists reflect this as individuals. so what's the situation in 2011?
    
    I often asked to fellow colleagues this question, "what is computational neuroscience?" and often got one of these answers (I try to be unbiased - please correct me):
    
     [ ] it is a field of neuroscience involving the use of computers (von Neumann machines, Dell boxes, macbooks, ...) to simulate and analyze data obtained from experimental neuroscience and advance our knowledge from this dialogue. Theoretical neuroscience is different in the sense that it proposes mathematical models of how it works.
    
     [ ] it is the field of neuroscience studying how information is represented and processed in neural activity. This involves a dialogue with experimental neuroscience to analyze and propose experiments. It proposes models, that is theories for the relation between function and structure. Theoretical neuroscience is a subset of computational neuroscience that tries to express these models in standard mathematical language.
    
     [ ] it is some field of neuroscience and why would you care to give an exact definition? its frontiers are moving and it has many facets, theoretical neuroscience being just one example. it cares about being less ignorant on relation between function and structure in neuroscience.
    
    If you want to express your opinion, you can so in one click:
    https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dDc5X2dJRS1zMHRiSndSNERWelBkQlE6MQ
    results :
    https://spreadsheets.google.com/lv?key=0AueMPskll6yrdDc5X2dJRS1zMHRiSndSNERWelBkQlE&hl=fr&f=0&rm=full#gid=0
    
    cheers,
    Laurent
    

results

  • I have received 36 responses with the following results (see https://spreadsheets.google.com/lv?key=0AueMPskll6yrdDc5X2dJRS1zMHRiSndSNERWelBkQlE&hl=fr&f=0&rm=full#gid=0 ):

    1. [ 5 ] it is a field of neuroscience involving the use of computers (von Neumann machines, Dell boxes, macbooks, ...) to simulate and analyze data obtained from experimental neuroscience and advance our knowledge from this dialogue. Theoretical neuroscience is different in the sense that it proposes mathematical models of how it works.

    2. [ 21 ] it is the field of neuroscience studying how information is represented and processed in neural activity. This involves a dialogue with experimental neuroscience to analyze and propose experiments. It proposes models, that is theories for the relation between function and structure. Theoretical neuroscience is a subset of computational neuroscience that tries to express these models in standard mathematical language.

      • one answer is amended by "is a sub-field of theoretical neuroscience that seeks to understand how information is represented and processed in the nervous system by implementing and testing theories in the form of computer simulations."
      • another answer comments "Not a definition, but a comment. Since Comp. Neurosci. (or whatever it should be called -- some people now call it Neurodynamics) is already such a small field and barely represented on the map, I think it is foolish to further subdivide it. That is why I like the first definition a bit more, such that both are collected under one roof."
    3. [ 6 ] it is some field of neuroscience and why would you care to give an exact definition? its frontiers are moving and it has many facets, theoretical neuroscience being just one example. it cares about being less ignorant on relation between function and structure in neuroscience.

    4. [ 4 ] other free-form answers were given:

      1. with a slight modification to the first definition

        I agree with definition (1) except the "Theoretical neuroscience is a subset of ..." as I might argue that "Computational neuroscience is a subset of theoretical neuroscience".
        
      2. with a new definition close to the aims of theoretical neuroscience

        it is field of neuroscience that use mathematical models to analyze the data obtained from experimental neuroscience. Therefore, it gives a logical result to it and it can be explained instead to be as a magic box
        
      3. to a strict "computational" view

        It is the subset of theoretical neuroscience that hypothesises that the brain is a computer. This relates to the first definition to the extent that 'computation' is identified with 'information processing'. Theoretical neuroscience is simply the development of models (in any form, including mathematics or computer simulations) of neural processes. It is possible for a process to be simulated or analyzed using a computer - see the second definition - without claiming the process itself is an example of computation. 'Computational neuroscience' usually implies this stronger claim, though it is now often used more loosely (definition three).
        
      4. or to the interesting view that these different approaches overlap but correspond to different approaches:

        In my view, theoretical neuroscience is the non-experimenting version of neuroscience, much like theoretical physics is the non-experimenting version of physics.
        
        I would argue that theoretical neuroscience and computational neuroscience are different in their approaches.
        
        Computational neuroscience has a strong focus on simulation. It is the "virtual" extension of electrophysiology. The modeling philosophies of GENESIS and Neuron clearly reflect this. So called "biologically realistic" simulations are the gold standard in computational neuroscience.
        
        Theoretical neuroscience, by contrast, has its focus on mathematical descriptions and properties of nervous structures. Theoretical neuroscience starts, when the experiments, real or simulated, are done. The excellent books of Henry Tuckwell illustrate this. Here, simulation is not the method of choice, but the last resort after all pencils are broken and all paper is used up ;-)
        
        At best, I would say that there is overlap between the two rather than that one comprises the other.
        
        And while we are at definitions. Why not add the re-incarnated term of "Neuroinformatics" to the contest?
        

analysis

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2011-07-10 mounting filesystems using SSH

2011-07-12 11:51:19

install on ubuntu

  1. $ sudo apt-get install sshfs
    [sudo] password for toto:
    Reading package lists... Done
    Building dependency tree
    Reading state information... Done
    The following NEW packages will be installed
      sshfs
    0 upgraded, 1 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.
    Need to get 43.7 kB of archives.
    After this operation, 160 kB of additional disk space will be used.
    Get:1 http://gb.archive.ubuntu.com/ubuntu/ natty/main sshfs amd64 2.2-1build1 [43.7 kB]
    Fetched 43.7 kB in 0s (1,477 kB/s)
    Selecting previously deselected package sshfs.
    (Reading database ... 342224 files and directories currently installed.)
    Unpacking sshfs (from .../sshfs_2.2-1build1_amd64.deb) ...
    Processing triggers for man-db ...
    Setting up sshfs (2.2-1build1) ...
    
  2. $ sudo gpasswd -a $USER fuse
    Adding user toto to group fuse
    

using sshfs (mac and ubuntu)

  1. Create a mountpoint and give yourself ownership

    sudo mkdir /media/mount-name
    sudo chown your-username /media/mount-name
    
  2. Mount the filesystem

    sshfs remote-system-name:/remote-folder /media/mount-name
    
  3. Unmount the filesystem

    fusermount -u /media/mount-name
    

automating the process sshfs (mac and ubuntu)

  1. script to mount_cluster.sh :

    mkdir ~/spawn
    sshfs toto@server:~/spawn ~/spawn
    
  2. script to unmount umount_cluster.sh :

    fusermount -u  ~/spawn
    rmdir ~/spawn
    

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2011-07-08 mercurial & LaTeX

2011-07-07 22:42:09
  1. Just a add the following lines to your Makefile

    HGID:=$(shell hg parents -R .. --template "Mercurial revision {rev} - date: {date|isodate}")
    hgid.tex:dummy
            [ -f $@ ] || touch $@
            echo '\\renewcommand{\hgid}{$(HGID)}' > $@
    dummy: ;
    
  2. and this lines to your main tex file

    \newcommand{\hgid}{null}
    \input{hgid}
    

    now one can use the command \hgid to get the version everywhere.

  3. for instance

    \newcommand{\HRule}{\rule{\linewidth}{0.5mm}}
    \usepackage{fancyhdr}
    \pagestyle{fancyplain}
    \fancyhead{}
    \chead{{\sc This a DRAFT, please do not distribute.}}
    \cfoot{\HRule \\ \hgid}
    

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