Posts about sciblog (old posts, page 6)

2011-01-19 inverting colors in MacOsX

  • during a presentation, a figure may reveal more readable if you invert colors and luminance: black gets white and reverse, red becomes cyan and so on.
  • this can be done on the fly using the magical ctrl + opt + command + 8 keyboard shortcut (on a french keyboard, press ! instead of 8).
  • a property linked to universal access (see that reference pane for other tricks)

2011-01-18 ubuntu : starting sshd at boot

2011-01-18 21:37:26
  • ssh server installed but not starting at boot (I certainly messed up something):
    $ ls -l /etc/init.d/*ssh*
    -rwxr-xr-x 1 root root 3704 2010-09-14 19:20 /etc/init.d/ssh
    $ ls -l /etc/rc2.d/*ssh*
    ls: cannot access /etc/rc2.d/*ssh*: No such file or directory
    $ ls -l /etc/rc1.d/*ssh*
  • a solution is to use update-rc.d:
    usage: update-rc.d [-n] [-f] <basename> remove
           update-rc.d [-n] <basename> defaults [NN | SS KK]
           update-rc.d [-n] <basename> start|stop NN runlvl [runlvl] [...] .
           update-rc.d [-n] <basename> disable|enable [S|2|3|4|5]
                    -n: not really
                    -f: force
    
    The disable|enable API is not stable and might change in the future.
  • by issuing :
    $ sudo update-rc.d ssh defaults
    update-rc.d: warning: ssh stop runlevel arguments (0 1 6) do not match LSB Default-Stop values (none)
     Adding system startup for /etc/init.d/ssh ...
       /etc/rc0.d/K20ssh -> ../init.d/ssh
       /etc/rc1.d/K20ssh -> ../init.d/ssh
       /etc/rc6.d/K20ssh -> ../init.d/ssh
       /etc/rc2.d/S20ssh -> ../init.d/ssh
       /etc/rc3.d/S20ssh -> ../init.d/ssh
       /etc/rc4.d/S20ssh -> ../init.d/ssh
       /etc/rc5.d/S20ssh -> ../init.d/ssh
  • should work now :-)
    $ ls -l /etc/rc1.d/*ssh*
    lrwxrwxrwx 1 root root 13 2011-01-18 21:33 /etc/rc1.d/K20ssh -> ../init.d/ssh

2010-12-27 how to find stuff

  • the most simple command is locate :
    locate Python.h

    ; it is based on a database updated regulalry (most often daily).

  • the most powerful is find :
    # To find all files modified in ~/Sites three days ago:
    find ~/Sites -mtime 3
    # and 10 minutes ago:
    find ~/Sites -mmin 10
    #A time specified by -n means less than, while +n means more than.
    
    #To find all files in you home directory modified within the last week use:
    find ~ -mtime -7
    find ~ -newer last-backup.log
    
    # will find all files changed (or created) since last-backup.log was files larger than 2 megabytes (4000 of these 512 byte blocks):
    find ~ -size +4000
    find empty files% find . -empty

2010-12-20 Caps Lock, what a useless key

2010-12-20 13:38:58

http://mkaz.com/archives/86/disable-caps-lock-on-mac-os-x/

  1. [Ubuntu / gnome] You should be disable it do this with System->Preferences->Keyboard->Layouts-> Options...->CapsLock key behavior
  2. [MacosX] Open System Preferences, select the Keyboard pane. Within here, click the Modifier Keys… button at the bottom. To disable the Caps Lock key, pull down the associated menu and select No Action.

2010-12-08 CRAAC: Compte rendu annuel d'activité des chercheurs du CNRS. Année 2010

2010-12-08 10:56:10

https://crac.dsi.cnrs.fr/image/logo_cnrs.gif

Compte rendu annuel d'activité des chercheurs du CNRS Année 2009 - 2010

Identité

Nom (nom de jeune fille)

PERRINET

Prénom

Laurent

Date de naissance

23/02/1973

Grade

CR1

N° d'agent

00024609

Téléphone

04 91 16 43 08

Télécopie

04 91 16 44 98

Adresse électronique

laurent.perrinet@incm.cnrs-mrs.fr

Section(s) du Comité National

7

Département scientifique

Sciences du vivant

Délégation régionale

Provence et Corse

Affectation

Intitulé de l'unité

Institut de neurosciences cognitives de la méditerranée, approches fondamentale et clinique

Code unité

UMR6193

Directeur

Driss BOUSSAOUD

Adresse électronique du directeur

driss.boussaoud@incm.cnrs-mrs.fr

Adresse

31 Chemin Joseph Aiguier

13402 MARSEILLE CEDEX 20

France

Téléphone

04 91 16 43 18

Télécopie

04 91 77 49 69

Délégation

Provence et Corse

Site Web

Distinction(s)

Qualification

Habilitation à diriger des recherches

non

Doctorat d'Etat

non

Doctorat

oui

Année d'obtention

2003

Qualification "Maître de conférences"

non

Qualification "Professeur"

non

Période d'inactivité

Mobilité(s) antérieure(s)

Activités de recherche développées

Rattachement à(aux) activité(s) de recherche de l'unité UMR6193

Intitulé d'activité Date fin du rattachement
DYNAMIQUE DE LA PERCEPTION VISUELLE ET DE L'ACTION (DyVA)

Mots clés des sections/CID du Comité national

Section 1 : Probabilités, processus et algorithmes stochastiques, statistique, analyses des données
Section 1 : "Modélisation et interactions des mathématiques avec, en particulier, la mécanique, la physique, la biologie, l’informatique, les télécommunications, la chimie, l’environnement, l’économie ; applications industrielles"
Section 7 : Réseaux, systèmes répartis, parallélisme
Section 7 : Traitement, analyse, interprétation et synthèse du signal, de la parole et de l'image
Section 7 : Modélisation, analyse, commande et supervision des systèmes dynamiques

Points forts de vos activités de recherche et /ou informations complémentaires

Mon objectif de recherche est d’étendre la compréhension des modèles des facultés cognitives sous la forme de réseaux de neurones impulsionnels qui réalisent des algorithmes de la perception visuelle. En effet, les brèves impulsions du potentiel de membrane se propageant au fil des neurones sont une caractéristique universelle des systèmes nerveux et permettent de construire des modèles événementiels efficaces de traitement dynamique de l’information. Dans un but fonctionnel, je désire notamment implanter dans ces modèles des stratégies d’inférence grâce à des mécanismes d’apprentissage auto-organisés fixant les relations spatio-temporelles entre les neurones. Dans le cadre du projet FACETS, nous envisageons la création de nouveaux types d'algorithmes basés sur ces recherches.

Publication(s), parue(s) ou sous presse, dans des revues à comité de lecture

Référence
Amarender Bogadhi, Anna Montagnini, Pascal Mamassian, Laurent U. Perrinet, and Guillaume S. Masson. Pursuing motion illusions: a realistic oculomotor framework for bayesian inference. Vision Research, (In press), 2010. http://invibe.net/LaurentPerrinet/Publications/Bogadhi10
Emmanuel Daucé and Laurent Perrinet. Computational neuroscience, from multiple levels to multi-level. Journal of Physiology (Paris), 104(1-2):1-4, 2010. http://invibe.net/LaurentPerrinet/Publications/Daucé10
Jens Kremkow, Laurent U. Perrinet, Guillaume S. Masson, and Ad Aertsen. Functional consequences of correlated excitatory and inhibitory conductances in cortical networks. Journal of Computational Neuroscience, 28(3):579-94, jun 2010. http://invibe.net/LaurentPerrinet/Publications/Kremkow10jcns
Khaled Masmoudi, Marc Antonini, Pierre Kornprobst, and Laurent Perrinet. A novel bio-inspired static image compression scheme for noisy data transmission over low-bandwidth channels. In ICASSP 2010, Paper #2894, 2010. http://invibe.net/LaurentPerrinet/Publications/Masmoudi10
Laurent Perrinet. Role of homeostasis in learning sparse representations. Neural Computation 2010 22 7 1812-36

Publication(s), parue(s) ou sous presse, dans des revues sans comité de lecture

Ouvrage(s) ou chapitre(s) d'ouvrage(s), paru(s) ou sous presse

Référence
Emmanuel Daucé and Laurent Perrinet, editors. Computational neuroscience, from multiple levels to multi-level: a special issue of Journal of Physiology (Paris), 2009.
Proceedings of the second french conference on Computational Neuroscience, Marseille. 330 pages. Editors Perrinet, Laurent U. and Daucé, Emmanuel. October 2008, Url http://2008.neurocomp.fr/neurocomp08proceedings.pdf, Isbn 978-2-9532965-0-1

Participation à des manifestations scientifiques

Manifestation

AREADNE

Type de manifestation

( international )

Lieu

Santorin ( Grèce )

Durée

4 (jour(s))

Intervention(s)

Dynamical emergence of a neural solution for motion integration. In Proceedings of AREADNE, 2010 http://invibe.net/LaurentPerrinet/Publications/Perrinet10areadne par Laurent Perrinet and Guillaume S. Masson.
    Affiche/poster

Manifestation

FACETS CodeJam Workshop #4

Type de manifestation

( international )

Lieu

Marseille ( FRANCE )

Durée

4 (jour(s))

Intervention(s)

Hooking together the pieces to build a neuroscience demo http://invibe.net/LaurentPerrinet/Presentations/10-06-24_CodeJamNr4 par Laurent Perrinet
    Communication orale

Manifestation

FACETS plenary meeting, WP 5/9: Modeling and Databases at the Network Level - Friday, January 8th 2010

Type de manifestation

( international )

Lieu

Dresden ( Allemagne )

Durée

3 (jour(s))

Intervention(s)

Models of low-level vision: linking probabilistic models and neural masses. http://invibe.net/LaurentPerrinet/Presentations/10-01-08_facets par Laurent Perrinet and Guillaume S. Masson.

Manifestation

From Mathematical Image Analysis to Neurogeometry of the Brain http://invibe.net/LaurentPerrinet/Presentations/10-12-17_TaucTalk

Type de manifestation

( international )

Lieu

Paris ( FRANCE )

Durée

2 (jour(s))

Manifestation

Second NeuroComp Marseille Workshop "Computational Neuroscience: From Representations to Behavior" http://invibe.net/LaurentPerrinet/NeuroCompMarseille/2010Workshop

Type de manifestation

( national )

Lieu

Marseille ( FRANCE )

Durée

2 (jour(s))

Intervention(s)

Introduction à la journée http://invibe.net/LaurentPerrinet/Presentations/10-05-27_NeuroCompMarseilleWorkshop par Laurent Perrinet
    Communication orale

Manifestation

The 35th International Conference on Acoustics, Speech, and Signal Processing (ICASSP)

Type de manifestation

( international )

Lieu

Dallas, Etats-Unis

Durée

Intervention(s)

Khaled Masmoudi et al. A NOVEL BIO-INSPIRED STATIC IMAGE COMPRESSION SCHEME FOR NOISY DATA TRANSMISSION OVER LOW-BANDWIDTH CHANNELS. The 35th International Conference on Acoustics, Speech, and Signal Processing (ICASSP) 2010 Dallas US paper 21

Manifestation

VSS

Type de manifestation

( international )

Lieu

Naples, Florida ( Etats-Unis )

Durée

6 (jour(s))

Intervention(s)

A recurrent bayesian model of dynamic motion integration for smooth pursuit. In Vision Science Society, number 26.445, 2010. par Amarender Bogadhi, Anna Montagnini, Pascal Mamassian, Laurent U. Perrinet, and Guillaume S. Masson.

Different pooling of motion information for perceptual speed discrimination and behavioral speed estimation. In Vision Science Society, number 43.503, 2010. par Claudio Simoncini, Laurent U. Perrinet, Anna Montagnini, Pascal Mamassian, and Guillaume S. Masson.

Activité éditoriale

Type d'intervention

Editeur

Type de document

Revues

Informations complémentaires

Emmanuel Daucé and Laurent Perrinet, editors. Computational neuroscience, from multiple levels to multi-level: a special issue of Journal of Physiology (Paris), 104(1-2):1-4, 2010.

Type d'intervention

Rapporteur/Relecteur dans des revues

Type de document

Autres

Informations complémentaires

Neural Computation

Type d'intervention

Rapporteur/Relecteur dans des revues

Type de document

Informations complémentaires

Journal of Physiology (Paris)

Type d'intervention

Rapporteur/Relecteur dans des revues

Type de document

Informations complémentaires

Conférence NeuroComp 2010

Type d'intervention

Rapporteur/Relecteur dans des revues

Type de document

Informations complémentaires

Neurocomputing

Séjour(s) dans d'autres laboratoires

Objet

Collaboration avec Karl Friston sur les modèles de Free energy.

Organisme

University College of London

Pays

Royaume-Uni

Unité

FIL

Durée annuelle

60 (j)

Mission(s) sur le terrain

Formation personnelle

Collaborations

Organisme partenaire

INRIA

Pays

FRANCE ( Europe )

Unité partenaire

Odyssee

Intitulé

Sophia

Cadre de la coopération

AUTRE - FACETS

Nature de l'activité

Organisme partenaire

UCL

Pays

Royaume-Uni ( Europe )

Unité partenaire

FIL

Intitulé

Collaboration Karl Friston / Alan Johnston

Cadre de la coopération

Nature de l'activité

Organisme partenaire University Freiburg
Pays Allemagne ( Europe )
Unité partenaire FACETS
Intitulé FACETS
Cadre de la coopération AUTRE - FACETS
Nature de l'activité Participation à un réseau

Organisme partenaire

University Ulm

Pays

Allemagne ( Europe )

Unité partenaire

NeuroInformatics

Intitulé

Perception of Motion

Cadre de la coopération

Nature de l'activité

Encadrement et animation scientifique

Chercheurs

CNRS

Enseignement supérieur

Autres EPST

Autres

Total

0

0

0

1
    Thésarde en CDD

1

Doctorants

Thèse

Doctorants étrangers

Doctorants ayant soutenu une thèse

Total

Direction

Codirection

1

2

1

0

3

IT

Stagiaires

IT CNRS

IT non CNRS

Total

Master 2

Licence, master 1

Ecole d'ingénieur

IUT

Autre

Total

0

0

0

2

0

0

0

1

3

Animation scientifique
Organisation à Marseille de la deuxième conférence internationale en Neurosciences Computationnelles Participation au réseau NeuroComp.fr Animation d'un réseau marseillais des NeuroComp Encadrement projet Master BIM à Luminy

Enseignement

Formation initiale

Discipline

Niveau

Nature

Type d'établissement

Lieu

Volume annuel (heures)

Neurosciences Computationnelles (1)

3ème cycle

Cours magistraux

Université

France

6

6

Informations complémentaires sur les enseignements dispensés en formation initiale
(1) http://invibe.net/LaurentPerrinet/Presentations/10-10-20_M2_MasterSciences

Valorisation et partenariat

Vulgarisation

Type d'information

Intitulé

Type de participation

Conférence/débat public

Diffraction monochromatique, spectre audiographique http://invibe.net/LaurentPerrinet/Presentations/10-04-14_OndesParalleles ponctuelle

Exposition

projet "Instinct Paradise", label "Marseille capitale de la culture"

Conseil scientifique

Presse écrite

Qui créera le premier calculateur intelligent? DocSciences, (13), 2010.

Participation ponctuelle

Administration de la recherche

  • Management et gestion
Vice-président CLAS GLM de Marseille-Joseph Aiguier

2010-11-15 Password-less logins with OpenSSH

2010-11-15 12:33:33

Because OpenSSH allows you to run commands on remote systems, showing you the results directly, as well as just logging in to systems it's ideal for automating common tasks with shellscripts and cronjobs. One thing that you probably won't want is to do though is store the remote system's password in the script. Instead you'll want to setup SSH so that you can login securely without having to give a password.

Thankfully this is very straightforward, with the use of public keys.

To enable the remote login you create a pair of keys, one of which you simply append to a file upon the remote system. When this is done you'll then be able to login without being prompted for a password - and this also includes any cronjobs you have setup to run.

If you don't already have a keypair generated you'll first of all need to create one.

To generate a new keypair you run the following command:

skx@lappy:~$ ssh-keygen -t rsa

This will prompt you for a location to save the keys, and a pass-phrase:

Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/home/skx/.ssh/id_rsa):
Enter passphrase (empty for no passphrase):
Enter same passphrase again:
Your identification has been saved in /home/skx/.ssh/id_rsa.
Your public key has been saved in /home/skx/.ssh/id_rsa.pub.

If you accept the defaults you'll have a pair of files created, as shown above, with no passphrase. This means that the key files can be used as they are, without being "unlocked" with a password first. If you're wishing to automate things this is what you want.

Now that you have a pair of keyfiles generated, or pre-existing, you need to append the contents of the .pub file to the correct location on the remote server.

Assuming that you wish to login to the machine called mystery from your current host with the id_rsa and id_rsa.pub files you've just generated you should run the following command:

ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_rsa.pub username@mystery

This will prompt you for the login password for the host, then copy the keyfile for you, creating the correct directory and fixing the permissions as necessary.

The contents of the keyfile will be appended to the file ~/.ssh/authorized_keys2 for RSA keys, and ~/.ssh/authorised_keys for the older DSA key types.

Once this has been done you should be able to login remotely, and run commands, without being prompted for a password:

skx@lappy:~$ ssh mystery uptime
 09:52:50 up 96 days, 13:45,  0 users,  load average: 0.00, 0.00, 0.00

2010-11-09 Instinct Paradise :-journée IMERA du 9 nov 2010

journée IMERA du 9/11/2010

Mon projet scientifique s'intéresse aux mécanismes computationnels qui sous-tendent la cognition. C'est-à-dire que l'on sait que l'on sait où se produisent ces mécanismes définissant la système nerveux central en un réseau de neurones connectés par des synapses et qu'ils sont supportés par des signaux électro-chimiques entre ces noeuds, mais on ne connaît pas encore totalement comment l'information qui semble être portée ces signaux peut être interprété. Ce "Graal" est la découverte du "code neural" c'est-à-dire du langage qui est utilisé dans notre cerveau. On ne sait si cette découverte est possible: peut-il exister une connaissance globale du cerveau comme on peut deviner la trajectoire d'une planète avec les lois de Newton? Peut-etre le cerveau lui-même n'est pas assez complexe, même mis en réseau avec tous les neuro-scientifiques du monde entier, pour se laisser deviner... Mais il y a de nombreuses perspectives à le découvrir progressivement:

  • La découverte d'algorithmes neuraux permet de construire de nouveaux paradigmes de calcul. En effet une chose que l'on sait du cerveau est qu'il n'est pas un ordinateur! au moins il n'est pas un ordinateur classique (de von Neumann) où toute l'information passe par un (ou un petit nombre) de processeurs à très grande vitesse. À le place de cela, l'architecture du système nerveux est massivement parallèle, asynchrone et adaptative. Ces nouveaux algorithmes pourront être implantées sur des puces de nouvelle génération qui sont actuellement en développement.
  • Une meilleure connaissance des mécanismes ouvre bien sûr la voie à de nombreuses applications thérapeutiques et sur un large spectre depuis le contrôle des épilepsie jusqu'à la compréhension des dégénérescences neurales. Nous appliquons au laboratoire cette démarche scientifique en nous concentrant sur les bases de la vision et en particulier sur la capacité à détecter le mouvement.

Nous sommes encore au Moyen-Âge d'un compréhension globale de la cognition. Il n'y a pas de brique élémentaire ou de principe universel comme cela peut l'être dans d'autres disciplines comme la mécanique, la chimie ou la logique mathématique classique. Nous sommes ici dans le domaine des sciences du complexe: on parle alors de concepts encore très jeunes par rapport à l'âge de l'humanité comme l'utilisation de mesures d'information, l'auto-organisation ou l'émergence.

On le voit notre démarche scientifique est relativement large est si elle est appliquée à un cas particulier (la détection de mouvement), nous faisons en sorte qu'elle puisse toujours être approchée de façon générique à d'autres problèmes: d'autres modalités sensorielles ou cognitives mais surtout d'autres échelles d'analyses, du très petit (l'interaction de sous-parties d'un neurone) au très grand (interactions sociales).

Il y a donc une grande proximité du champ d'action avec la démarche artistique d'Etienne Rey et Franck2Louise qui a conduit à l'émergence de ce projet. J'étais au début surpris de l'utilisation de mots clés (diffraction, particule, résonance, émergence, ...) et pensais qu'il étaient plus utilisés pour le pouvoir poétique de leur évocation. En fait, au cours des discussions nous nous sommes rendus compte que nous parlions le même langage et qu'une voie s'ouvre si nous confrontions nos perspectives en redéfinissant ce qui ne l'est pas encore précisément: c'est l'intérêt de Tropique en tant que chercheur en neuroscience: un espace de création dans la mise en oeuvre du projet dans la définition du "cerveau artificiel" qui va le contrôler, un espace de création imprévisible qui va naître de l'interaction avec le public.

Plus prosaïquement mon intérêt est à plusieurs facettes:

  • la phase de gestion de l'information du mouvement de plusieurs acteurs est une prouesse technologique qui sera une épreuve du feu pour les algorithmes neuro-mimétiques que nous développons. En particulier, le concept de particule élémentaire d'information de mouvement pourra montrer son utilité à un niveau pratique,
  • explorer en pratique la résonance entre Perception et Action. Ces deux facettes de la cognition qui sont gravées dans l'anatomie du cerveau sont indissociables. Instinct Paradise donne un espace d'expérimentation qui nous permet de manipuler directement la perception d'espace d'un personne (son "aura") ainsi que ses interactions. A la manière d'une fractale nous envisageons de transposer ce niveau d'interactions sociales inter-personnes (10mx10m) sur un modèles d'interactions neurales (1cmx1cm) sur des règles similaires élémentaires de diffusion/agrégation,
  • c'est une aventure humaine, une série d'échanges, un projet que nous voulons donner à partager. À mon niveau, c'est aussi pour la reconnaissance qu'il soit porté par les institutions . À l'heure ou le seul espace public pour la science sont le mysticisme de jumeaux lipo-chirurgés ou le scpeticisme industriuex d'un ex-minstre géologiquement mamouthé, c'est un réel bonheur qu'on puisse monter un projet qui me permette de présenter quelques avancées sur notre connaissance du cerveau. Finalement, mon intérêt est aussi de pouvoir partager une bière au bar de la Friche pour discuter à bâtons rompus de concepts métaphysiques puis de plonger sur un détail très spécifique de la construction d'un détecteur ou d'imaginer les scénarios possibles d'interaction.

2010-11-07 wma to MP3

2010-11-11 14:53:20
  • http://seismic.ocean.dal.ca/~leblanc/pwp_wiki/static/upload/audio_conv.py
  • Mplayer has changed the syntax for pcm (wav) output. The pcm -aofile <filename> options has changed to -ao pcm:file=<filename> which doesn't like dos filenames (c:\bla\...). so I'm using a real hack to make a tempfile in the current directory (for windows only, *nix works normally). This script uses the syntax for the newer version of Mplayer, if you need the older syntax comment out the current method near line 286 and uncomment the one above it. This should be pretty clear when looking at the code.
./audio_conv.py -h
./audio_conv.py  -i "*.wma" -r --to-mp3 --dry-run
./audio_conv.py  -i "*.wma" -r --to-mp3
./audio_conv.py  -i "*.wma" -r --to-mp3 --normalize --delete